Para atingir as Metas através das Estratégias de Intervenção elencadas no Projeto Educativo, os órgãos intermédios detêm um papel preponderante na operacionalização das mesmas. Esta operacionalização assenta numa organização bem definidas da estrutura pedagógica do agrupamento e consequentemente, numa implementação cirúrgica das medidas nas diferentes áreas de melhoria. A operacionalização, quer através da organização, quer recorrendo à implementação, recorre a impactos diretos (trabalho pedagógico com alunos) ou a impactos indiretos (trabalho pedagógico para alunos).